Az osztály fő feladata a fertőző betegségek felügyelete, megelőzése.

Ennek keretében:

1. Irányítja és ellenőrzi a fertőző betegekkel, a fertőzésre gyanús személyekkel, a kórokozó hordozókkal kapcsolatos tevékenységet, helyszíni járványügyi vizsgálatot végez.
2. Folyamatosan figyelemmel kíséri a járványügyi helyzetet, járvány esetén megteszi a szükséges intézkedéseket.
3. Illetékességi területén szervezi az életkorhoz kötötten kötelező védőoltásokhoz szükséges, és a megbetegedési veszély miatt térítésmentesen biztosított oltóanyagok beszerzését, felügyeli a területen az előírásszerű tárolást és felhasználást.
4. Vizsgálja, elemzi és értékeli az oltási eredményeket. Kivizsgálja a fokozott oltási reakcióval járó eseteket.
5. Működteti a Nemzetközi Oltóközpontot, végzi a külföldi utazással kapcsolatos tanácsadást és védőoltást.
6. Felügyeli az ANONIM HIV/AIDS ambulancia tevékenységét.
7. Figyelemmel kíséri az egészségügyi ellátással összefüggő fertőzések alakulását, szükség esetén járványügyi vizsgálatot végez és intézkedéseket tesz.
8. Felügyeli a fertőtlenítési és sterilizálási tevékenységet. Szervezi a sterilizáló berendezések biológiai ellenőrzését.
9. Figyelemmel kíséri az egészségügyi kártevők előfordulását, az abból fakadó közegészségügyi ártalmat, illetve járványveszélyt, a védekezés helyzetét. Összehangolja, irányítja és ellenőrzi a kistérségi intézetek ez irányú tevékenységét.